Selain OSIS, MAN 2 Bogor memiliki banyak wadah ekstrakurikuler yang dapat diikuti oleh para siswa yaitu :

A.Bidang Olahraga
1. Sepakbola/Futsal 
2. Tenis Meja
3. Vollyball 
4. Pencak Silat Cimande
5. Basket Ball 
6. Bulutangkis 

B. Bidang Keterampilan Berbahasa 
7. Englis Studi Club (ESC)
8. American Native Speaker (Peace Corp)

C. Bidang Kesenian 
11. Paduan Suara
12. Pademang (Padepokan Seni MAN Leuwiliang : Marching Band)
13. Seni Baca Al-Quran
14. Vokal Grup
15. Band

D. Bidang Keahlian/Ilmiah 
16. Majalah Dinding/Jurnalistik
17. Karya Ilmiah Remaja (KIR)

E. Bidang Sosial-Kemasyarakatan 
18. Pramuka 
19. PMR
20. Paskibra